党办校办（审计处）是学校党政日常办事机构，发挥着参谋助手、督促检查、综合协调的作用，承担着服务领导、服务部门、基层和师生的职责；负责学校财务预、决算及国有资产和重点、热点问题的审计工作。党办校办现设秘书科、综合科、督查科、调研信访科；挂靠单位有收发室、计生办；审计处内设工程审计科、财务审计科。
1952年，江西农学院创建，设院办公室。1956年3月设党委办公室，其中统战工作由党委办公室兼管。1959年设党委办公室、校长办公室。党办职责包含组织、监察、宣传等工作。
1958年，江西共产主义劳动大学总校成立，设校长办公室。1961年设党委办公室。1964年4月，江西共大总校撤销党委办公室，把党委办公室、团委、人保处合并成立政治部。1966年共大总校成立江西共大革命委员会，设革委会办公室。
1980年，学校改名为江西农业大学，设校长办公室。1984年3月设党委办公室、校长办公室。1992年，党委办公室、组织部、统战部合署办公，由党办负责人牵头负责。1999年，党委办公室、校长办公室合署办公。2019年12月，审计处与党委（校长）办公室合署办公。2013年11月至今，陈文新任党办校办主任。
党办校办（审计处）作风优良，工作高效。曾获得全省教育系统办公室工作先进集体、校优秀领导班子、大北农优质管理奖；个人获“新时代赣鄱先锋”、“江西省教育系统办公室先进个人”、“学校年度先进工作者”等荣誉称号。